Os Arquivos Setoriais das Unidades Universitárias são formados pelos arquivos setoriais do Centro de Artes e Letras (CAL), do Centro de Ciências Naturais e Exatas (CCNE), do Centro de Ciências Rurais (CCR), do Centro de Ciências da Saúde (CCS), do Centro de Ciências Sociais e Humanas (CCSH), do Centro de Educação (CE), do Centro de Educação Física e Desportos (CEFD), do Centro de Tecnologia (CT), do Centro de Educação Superior Norte - RS (CESNORS) e da Unidade Descentralizada de Educação Superior de Silveira Martins - RS (UDESSM).